填充柱的柱管在使用前應該經過清洗處理。不銹鋼柱管的清洗方法為：1、先用10%的熱的氫氧化鈉水溶液浸泡，除去管內壁的油污，然后用自來水洗中性。2、根據情況，可選用1：20的稀鹽酸水溶液重復處理一次，以降低柱內壁的吸附作用。玻璃柱的清洗方法：1、用冼液浸泡，除去管內壁的油污，然后用自來水洗中性。2、為減少玻璃柱內壁的活性，可用5%二甲基二氯硅烷的甲苯溶液浸泡處理，然后用甲苯和甲醇分別沖洗干凈。
分析用的填充柱內徑一般為2～4mm，長度一般小于10m。柱子的形狀可以是螺旋形的，也可以是U型的。U型柱易獲得較高的柱效，若是使用螺旋型的柱，應注意柱色譜柱圈直徑的大小對柱效會產生一定的影響，一般柱圈的圈徑應比柱管的內徑大15倍。
色譜柱管也存在漏氣的現象，為此可對色譜柱管進行檢漏。檢漏方法較為簡單，將柱管泡在水里，堵死柱的一端，在另一端通氣，若無氣泡冒出則說明柱子無泄漏現象。
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