Circulomics是馬里蘭州的一家生物技術(shù)公司，位于IMET的Harbor Launch Incubator內(nèi)。迄今為止，Circulomics已從NIH和Maryland TEDCO獲得近800萬美元的資金，用于開發(fā)核酸樣品制備，microRNA分析和單分子分析的創(chuàng)新平臺，這將推動(dòng)基因組學(xué)技術(shù)的研究和臨床轉(zhuǎn)化，從測序到表達(dá)譜分析和生物標(biāo)志物分析。

?Circulomics代理-上海起發(fā)

2019年7月?Circulomics SS-100-101-01新版說明書

Short Read Eliminator Kit

貨號 SS-100-101-01

使用方法：

在開始之前，用去離子水稀釋乙醇（96–100%），形成70%乙醇洗滌緩沖液。儲存所有緩沖器應(yīng)在室溫（18–25°C）下儲存。產(chǎn)品使用電路短讀消除器套件僅供研究使用

對于所有協(xié)議•
eppendorf-dna-lobind管（eppendorf 022431021）推薦用于大多數(shù)圖書館準(zhǔn)備工作。

電路短讀消除器（SRE-XS、SRE、SRE-XL）可用于快速高通量選擇高分子量（HMW）DNA樣品。這種方法可以通過逐漸耗盡長度達(dá)10 kb（sre-xs）、25 kb（sre）或40 kb（sre-xl）的短DNA來顯著提高平均讀取長度（圖1）。根據(jù)輸入樣本質(zhì)量的不同，讀取長度N50多可增加10–30 kb。該試劑盒采用與標(biāo)準(zhǔn)乙醇沉淀技術(shù)類似的離心程序。他們已經(jīng)在牛津大學(xué)納米孔研究所（Oxford nanopore minion/gridion/promethion）進(jìn)行了全面的測試。Pacbio Sequel應(yīng)用程序的協(xié)議將很快發(fā)布。

圖1.1%大小的選擇DNA的瓊脂糖凝膠分離與尺寸截?cái)嘧C明使用尖刺的梯子（THEOMIC科學(xué)Gullulter 1 KB加，αSM1334）。輸入為50 ng/μl gDNA，使用Nanobind CBB Big DNA試劑盒+20 ng/μl梯子從GM12878細(xì)胞中提取。

使用的試劑盒的選擇應(yīng)基于所需的尺寸選擇性能和輸入DNA的質(zhì)量，如下表所示。只有在適當(dāng)?shù)牧孔游籇NA濃度下使用合適的質(zhì)量輸入DNA，才能達(dá)到規(guī)定的回收效率。

如果DNA樣本被剪切/破碎、濃度低或需要很高的回收率，則應(yīng)使用短讀數(shù)消除器XS試劑盒。短讀消除器套件需要高質(zhì)量的HMW DNA，其中大部分DNA大于48kb。短讀消除器XL試劑盒需要非常高質(zhì)量的HMW DNA，其中大部分DNA大于48 kb。使用質(zhì)量低于建議的DNA樣本將導(dǎo)致回收率低于預(yù)期。對于短讀消除器XS試劑盒，DNA濃度必須在25–150 ng/μl之間。對于短讀消除器和短讀消除器XL試劑盒，DNA濃度必須在50–150 ng/μl之間。使用低于建議的DNA輸入濃度將導(dǎo)致低于exp。預(yù)期回收率。使用高于建議的DNA輸入濃度可能會(huì)影響尺寸選擇性能。DNA濃度必須通過量子比特或皮克格倫分析來確定。由于樣品中也可能存在RNA，因此僅使用紫外-可見光譜測量得出的濃度通常會(huì)導(dǎo)致低回收率，因?yàn)镈NA濃度會(huì)被高估。DNA樣本應(yīng)在te緩沖液（pH8）、循環(huán)緩沖液eb或水中。如果樣品緩沖液存在顯著差異或含鹽量高，則可能會(huì)影響尺寸選擇特性和回收率。