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微生物鑒定方法多種多樣。如常使用的形態觀察、 鏡檢、 重要的生化反應，還有度較高的基因鑒定法。其中，MALDI-TOF方法（基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜），是利用對核糖體蛋白檢測及與標準圖庫比對的一種質譜方法。

該方法檢驗原理是：

微生物中分子量在2000-20000Da范圍內的核糖體蛋白質，其表達基本不受培養基、培養條件、滅活方式以及生長周期等的影響，屬于保守表達的蛋白質，不同種的微生物（甚至亞種）其保守蛋白會有差異，因此每種微生物有其*的蛋白質指紋圖譜（PMF）；通過MALDI-TOF測得的微生物蛋白質指紋圖譜，再與標準庫里的指紋圖譜進行匹配、對比，從而完成對微生物快速的鑒定。

除了微生物鑒定外，MALDI-TOF技術還可應用于多種領域，范圍極廣：

1、可疑菌溯源性分析：在檢測出未知菌時，可自建菌庫，保留菌株圖譜信息，有助日后可疑菌的溯源分析。

2、腫瘤篩查中的運用：利用弱陽離子磁珠聯合MALDI-TOF-MS分析腫瘤患者和健康對照血清蛋白質表達譜，鑒定差異表達蛋白，建立疾病診斷模型，探索該疾病的發病機制。

3、細菌耐藥性分析：MALDI-TOF MS檢測細菌耐藥性的方法主要分為 3 類: 檢測耐藥菌株的特征性質譜峰、細菌酶活性作用下抗菌藥物的改變和抗菌藥物存在下細菌生長情況。