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進(jìn)口PCR儀的基本原理與分類
PCR就是利用DNA聚合酶對(duì)特定基因做體外或試管內(nèi)In Vitro的大量合成,基本上它是利用DNA聚合酶進(jìn)行專一性的連鎖復(fù)制。目前常用的技術(shù),可以將一段基因復(fù)制為原來(lái)的一百億至一千億倍。根據(jù)DNA擴(kuò)增的目的和檢測(cè)的標(biāo)準(zhǔn),可以將PCR儀分為普通PCR儀,梯度PCR儀,原位PCR儀,實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀四類。
基本要素
基本的PCR須具備
1.要被復(fù)制的DNA模板 Template
2.界定復(fù)制范圍兩端的引物Primers.
3.DNA聚合酶Taq. Polymearse
4.合成的原料(四種脫氧核苷酸)及水。
工作原理
利用升溫使DNA變性,在聚合酶的作用下使單鏈復(fù)制成雙鏈,進(jìn)而達(dá)到基因復(fù)制的目的。
反應(yīng)步驟
分別是1. Denaturation 2. Annealing of primers,3. Extension of primers。 所謂 Denaturing乃是將DNA加熱(至90~95℃)變性, 將雙股的DNA加熱后轉(zhuǎn)為單股DNA以做為復(fù)制的模板. 而Annealing 則是令 Primers于一定的溫度下(冷卻至55~60℃)附著于模板DNA兩端。 后在DNA聚合酶e.g. Taq-polymerase 的作用下(加熱至70~75℃)進(jìn)行引物的延長(zhǎng) Extension of primers及另一股的合成。
PCR的早設(shè)想核酸研究已有100多年的歷史,二十世紀(jì)60年代末、70年代初人們致力于研究基因的體外分離技術(shù),Korana于1971年早提出核酸體外擴(kuò)增的設(shè)想:“經(jīng)過DNA變性,與合適的引物雜交,用DNA聚合酶延伸引物,并不斷重復(fù)該過程便可克隆tRNA基因”。
實(shí)現(xiàn)
1985年美國(guó)PE-Cetus公司人類遺傳研究室的Mullis 等發(fā)明了具有劃時(shí)代意義的聚合酶鏈反應(yīng)。其原理類似于DNA的體內(nèi)復(fù)制,只是改進(jìn)與完善Mullis初使用的DNA聚合酶是大腸桿菌 DNA 聚合酶 I 的Klenow片段,其缺點(diǎn)是:
①Klenow酶不耐高溫, 90℃會(huì)變性失活,每次循環(huán)都要重新加。
②引物鏈延伸反應(yīng)在37℃下進(jìn)行,容易發(fā)生模板和引物之間的堿基錯(cuò)配,其PCR產(chǎn)物特異性較差,合成的DNA片段不均一。此種以Klenow酶催化的PCR技術(shù)雖較傳統(tǒng)的基因擴(kuò)增具備許多突出的優(yōu)點(diǎn),但由于Klenow酶不耐熱,在DNA模板進(jìn)行熱變性時(shí),會(huì)導(dǎo)致此酶鈍化,每加入一次酶只能完成一個(gè)擴(kuò)增反應(yīng)周期,給PCR技術(shù)操作程序添了不少困難。這使得PCR技術(shù)在一段時(shí)間內(nèi)沒能引起生物醫(yī)學(xué)界的足夠重視。
1988年初,Keohanog改用T4 DNA聚合酶進(jìn)行PCR,其擴(kuò)增的DNA片段很均一,真實(shí)性也較高,只有所期望的一種DNA片段。但每循環(huán)一次,仍需加入新酶。
1988年Saiki 等從溫泉中分離的一株水生嗜熱桿菌thermus aquaticus 中提取到一種耐熱DNA聚合酶。 此酶具有以下特點(diǎn):①耐高溫,在70℃下反應(yīng)2h后其殘留活性大于原來(lái)的90%,在93℃下反應(yīng)2h后其殘留活性是原來(lái)的60%,在95℃下反應(yīng)2h后其殘留活性是原來(lái)的40%。②在熱變性時(shí)不會(huì)被鈍化,不必在每次擴(kuò)增反應(yīng)后再加新酶。③大大提高了擴(kuò)增片段特異性和擴(kuò)增效率,增加了擴(kuò)增長(zhǎng)度2.0Kb。由于提高了擴(kuò)增的特異性和效率,因而其靈敏性也大大提高。為與大腸桿菌多聚酶IKlenow片段區(qū)別,將此酶命名為TaqDNA多聚酶Taq DNAPolymerase。此酶的發(fā)現(xiàn)使PCR廣泛的被應(yīng)用。
分類
普通的PCR儀
把一次PCR擴(kuò)增只能運(yùn)行一個(gè)特定退火溫度的PCR儀,叫傳統(tǒng)的PCR儀,也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運(yùn)行。主要是做簡(jiǎn)單的,對(duì)目的基因退火溫度的擴(kuò)增。該儀器主要應(yīng)用于科研研究,教學(xué),醫(yī)學(xué)臨床,檢驗(yàn)檢疫等機(jī)構(gòu)。
梯度PCR儀
把一次性PCR擴(kuò)增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件(溫度梯度),通常有12種溫度梯度,這樣的儀器就叫梯度PCR儀。因?yàn)楸粩U(kuò)增的不同DNA片段,其適退火溫度是不同的,通過設(shè)置一系列的梯度退火溫度進(jìn)行擴(kuò)增,從而一次性PCR擴(kuò)增,就可以篩選出表達(dá)量高的適退火溫度,進(jìn)行有效的擴(kuò)增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴(kuò)增,這樣節(jié)約成本的同時(shí)也節(jié)約了時(shí)間。主要用于科研,教學(xué)機(jī)構(gòu)。梯度PCR儀,在不設(shè)置梯度的情況下也可以做普通PCR擴(kuò)增。具有雙槽梯度的不多,領(lǐng)成具備此功能。
原位PCR儀
用于從細(xì)胞內(nèi)靶DNA的定位分析的細(xì)胞內(nèi)基因擴(kuò)增儀,如病源基因在細(xì)胞的位置或目的基因在細(xì)胞內(nèi)的作用位置等。是保持細(xì)胞或組織的完整性,使PCR反應(yīng)體系滲透到組織和細(xì)胞中,在細(xì)胞的靶DNA所在的位置上進(jìn)行基因擴(kuò)增,不但可以檢測(cè)到靶DNA,又能標(biāo)出靶序列在細(xì)胞內(nèi)的位置,于分子和細(xì)胞水平上研究疾病的發(fā)病機(jī)理和臨床過程及病理的轉(zhuǎn)變有重大的實(shí)用價(jià)值。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀
在普通PCR儀的基礎(chǔ)上增加一個(gè)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng),就成了熒光定量PCR儀。其PCR擴(kuò)增原理和普通PCR儀擴(kuò)增原理相同,只是PCR擴(kuò)增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標(biāo)記,使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結(jié)合擴(kuò)增。擴(kuò)增的結(jié)果通過熒光信號(hào)采集系統(tǒng)實(shí)時(shí)采集信號(hào)連接輸送到計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)得出量化的實(shí)時(shí)結(jié)果輸出。把這PCR儀叫做實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(qPCR儀)