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1，亮發光桿菌液體菌種染菌
解決辦法：改進液體菌種制作工藝，完善液體菌種設備，液體菌種必須經過嚴格檢測后才能接種。
2，液體菌種活性差
解決辦法：亮發光桿菌首先確定試管種、搖瓶菌種的質量是否符合要求，再保證發酵罐液體菌種的活性。
3，培養基酸敗
解決辦法：分批拌料，一個拌料批次的培養料確保在2個小時內裝袋（瓶）結束，裝袋后立即滅菌，避免培養基酸化，培養基酸化就是滋生了大量的細菌，滅菌后會殘留大量的毒素，對液體菌種的萌發產生抑制作用。
4，酸堿度不合適
解決辦法：合理添加石膏、碳酸鈣、白灰，確保pH值滅菌后在合適的范圍內。
注：亮發光桿菌培養基滅菌時間過長，或者長時間悶鍋，出鍋不及時等都會造滅菌過度，滅菌過度對于固體菌種影響很小，對于液體菌種影響是致命的，會導致液體菌種萌發后吃料困難，生長緩慢，但是培養基滅菌過度一般不會引起液體菌種不萌發的情況。