在離子色譜儀的使用過程中，使用者應時刻注重設備的維護與清洗，那樣才能設備運行的性以及穩定性，一般來說，在對離子色譜儀進行清洗過程中可以分為以下幾個步驟：儀器內部的吹掃和清潔、電路板的維護和清潔以及進樣口的清洗，其中：
　　
　　1、儀器內部的吹掃和清潔
　　
　　使用完離子色譜儀之后，可以打開色譜儀的側面和后面面板，用空氣或氮氣對內部灰塵進行吹掃，如發現積塵較多或不容易吹掃的地方請使用軟毛刷配合處理。此外，對于內部存在有機物污染的地方使用者可以選擇用水或有機溶劑進行擦洗，對于水溶性有機物可以先用水進行擦拭,對不能清潔的地方可以再用有機溶劑進行處理,對非水溶性或可能與水發生化學反應的有機物用不與之發生反應的有機溶劑進行清潔。
　　
　　2、離子色譜儀進樣口的清洗
　　
　　對于離子色譜儀進樣口的清洗包括以下幾點：首先可以先從儀器中小心取出玻璃襯管，并使用鑷子或其他小工具小心移去襯管內的玻璃毛和其它雜質，在這個過程中請勿劃傷襯管表面，然后再將初步清理過的玻璃襯管在有機溶劑中用聲波進行清洗烘干后使用，也可以用有機溶劑直接清洗，干燥后即可使用，分流平板是在溶劑中聲處理，烘干后使用，也可以從進樣口取出分流平板后，先采用甲苯等惰性溶劑清洗，再用甲醇等醇類溶劑進行清洗，烘干后使用。
　　
　　3、電路板的維護
　　
　　在對離子色譜儀進行電路板的維護時，首先要確保電源已切斷，然后再使用空氣或氮氣對電路板和電路板插槽進行吹掃，并配合軟毛刷配合對電路板和插槽中灰塵較多的部分進行仔細清理，在此過程中，使用者應戴手套防止靜電或手上的汗漬等對電路板上的部分元件造成影響。