醫療污水的主要來源有以下幾點。
1、醫院病人在診斷和護理過程中產生的排泄物。
2、手術后的沖洗液和消毒后排出的沖洗液。
3、醫療器械使用后的清洗、消毒所排出的廢水。
4、病嬰室等場所排出的污物和廢棄物。
5、從實驗室排出的廢液。
6、門診部（口腔科除外）及其他科室產生的生活污水和廁所水。
與一般生活污水相比，醫療污水的排放更為復雜。污水的來源和成分復雜，包括病原微生物、有毒有害理化污染物和放射性污染等。它具有空間污染、急性感染和潛伏感染的特點。如果不進行有效處理，它將成為疫情傳播的重要途徑，并嚴重污染環境。醫療廢水處理系統作為整個污水處理系統的核心部分，污水的收集、二級保護處理、三級微反應器處理和消毒是整個污水處理系統的核心。
醫療污水的消毒時間根據醫院的性質相關，以醫院用二氧化氯成品消毒劑為例，綜合性醫院的污水處理一般消毒半小時到一小時之間就可以排放，傳染性等特殊性的醫院污水在藥量加大的情況下，時間要在一小時之上才可以排放。
醫院排污量按院規模與病床計算，一般按0.5-0.8噸/天.床計。水體中主要污染指標為：糞大腸菌群.238105-238108個/升：COD：200-260mg/l;BOD：100-150mg/I;SS：100-150mg/I;PH：7-8.《醫機構水污染物排放標準》(GBl8466-2005)根據院分類與排污去向，規定了相應的排放標準。
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