一種檢測樣品體系中微量蛋白的方法,包括:提供待測蛋白的一抗修飾的免疫磁珠和二抗修飾的納米顆粒;將一抗修飾的免疫磁珠和二抗修飾的納米顆粒與含有待測蛋白的樣品體系混合孵育,形成雙抗夾心結構復合體;使復合體以單顆粒形式通過微納孔裝置并引發電脈沖信號,分析電脈沖信號得到復合體的電荷狀態或者體積/質量狀態,根據電荷狀態或者體積/質量狀態計算樣品體系中待測蛋白的數量。本發明通過免疫特異性結合磁珠的方式,檢測單個磁珠復合體的電荷狀態,從而計算出微量蛋白的絕對數量,檢出限低至單個蛋白分子,可以檢出常規免疫檢測檢出下限以下的微量蛋白,可廣泛應用于免疫學檢測、微生物檢測、細胞分離等領域。