有機藥物合成路線的基本方法：是逆合成方法，即追溯求源法；在此基礎上，還有分子對稱法、模擬類推法、類型反應法等。
追溯求源法：從藥物分子的化學結構出發，將其化學合成過程一步一步逆向推導進行尋源的思考方法，又稱倒推法或逆向合成分析。
研究藥物分子的化學結構，首先考慮哪些官能團可以通過官能團化或官能團轉換可以得到。
在確定分子的基本骨架后，尋找其后一個結合點作為次切斷的部位，考慮這個切斷所得到的合成子可能是哪種合成等價物，經過什么反應可以構建這個鍵。
在對合成等價物進行新的剖析，繼續切斷，如此反復追溯求源直到簡單的化合物，即起始原料為止。
起始原料應該是方便易得、價格合理的化工原料或天然化合物。后是各步反應的合理排列與完整合成路線的確立。
常見的切斷部位：藥物分子中C-N、C-S、C-O等碳-雜鍵的部位，通常是該分子的首先選擇切斷部位。
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