天然藥物ABPP和SPR互作,大規(guī)模分子相互作用-分子對接
可進(jìn)行天然藥物及仿生藥物,大規(guī)模分子相互作用研究如:
1. 對蛋白質(zhì)、核酸、小分子、天然產(chǎn)物研究相互作用進(jìn)行親和力、動(dòng)力學(xué)的全面分析,如:Ka、Kd、KD、ΔG等等;
2. 篩選能和靶蛋白結(jié)合的活性分子,分子對接、虛擬篩選、AI+篩選等;
3. ABPP(Activity-Based Protein Profiling)釣靶技術(shù),藥靶篩選藥物分子;
4. 復(fù)合物的結(jié)構(gòu)和組裝順序的分析。
5.天然產(chǎn)物藥物配伍、方證、循證醫(yī)學(xué)為基礎(chǔ)的藥效及精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究。
不同的分子互作技術(shù)各有特點(diǎn),選擇合適的技術(shù)取決于研究的具體需求和條件。
SPR:基于芯片表面(PH,分子量,電荷,離子濃度,溫度)等離子共振強(qiáng)度表示信號高低,靈敏度較高。
BLI:和spr類似,基于光波干涉形成信號,相對適合大分子蛋白檢測。
MST:需要標(biāo)記熒光分子如CY5,蛋白聚集、構(gòu)象大小影響大,適合小分子至離子。
ITC:基于互作過程吸放熱提供熱力學(xué)參數(shù)(如ΔH、ΔS、ΔG)適合構(gòu)象穩(wěn)和小分子。
互作檢測范圍包括:
蛋白-蛋白、抗體-抗原、蛋白-小分子、抗體-多肽、蛋白-DNA、DNA-DNA、蛋白-納米材料等分子間相互作用力檢測;除了蛋白、抗體外,細(xì)胞裂解液、細(xì)菌等也可結(jié)合垂釣質(zhì)譜等技術(shù)鑒定調(diào)控蛋白;也可在藥物篩選、醫(yī)療診斷、食品檢測、血液標(biāo)志物檢測等領(lǐng)域有廣泛應(yīng)用。
注意:樣品溶液中如含有NaN3、咪唑、蔗糖、DTT 等物質(zhì),需提前告知;如采用氨基偶聯(lián)的方式檢測,蛋白緩沖液中不能含有伯氨基的成分,如Tris 緩沖液。
SPR 檢測服務(wù)需經(jīng)評估后確定對應(yīng)的方案和價(jià)格。
分子對接(molecular docking)是依據(jù)配體與受體作用的“鎖-鑰原理” (lock&key principle),模擬配體與受體分子相互作用的一種技術(shù)方法。分子識(shí)別的過程,主要包括靜電、氫鍵、疏水、范德華力等。分子互聯(lián)為廣大客戶提供基于AI技術(shù)的虛擬篩選、分子對接服務(wù)、分子互作濕試實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證服務(wù),預(yù)測藥物分子能否結(jié)合蛋白質(zhì)分子、結(jié)合的方式、位置和穩(wěn)定性等信息。內(nèi)容涵蓋受體準(zhǔn)備(去水、加氫、優(yōu)化結(jié)構(gòu)和能量最小化)、活性位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、蛋白柔性構(gòu)象探索、配體構(gòu)象數(shù)據(jù)庫準(zhǔn)備、對接計(jì)算結(jié)果分析評價(jià)、小分子化合物庫制備、藥效團(tuán)建模及篩選、人工經(jīng)驗(yàn)篩選等等。
分子對接應(yīng)用:
1、配體和受體作用方式和結(jié)合構(gòu)象;
2、篩選與靶點(diǎn)結(jié)合的先導(dǎo)化合物,化合物排序;
3、作用機(jī)理拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)組構(gòu)建;
我們目前可以為您提供以下交付內(nèi)容:
蛋白/抗原/抗體—分子間親和力定性報(bào)告(定性分析),親和力測定報(bào)告(定量分析);結(jié)合常數(shù)(Ka)、解離常數(shù)(Kd)和 親和常數(shù)(KD); 親和力強(qiáng)弱排序;方證配伍研究報(bào)告。
周期:2-3周。
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